La Oficina Técnica es la instancia que ejecuta los acuerdos y resoluciones de la Comisión además tiene como mandatos adicionales los siguientes:
- Tramitar, aprobar, rechazar y fiscalizar las solicitudes de acceso a los recursos de la biodiversidad.
- Coordinar con las Áreas de Conservación, el sector privado, los pueblos indígenas y las comunidades campesinas, lo relativo al acceso.
- Organizar y mantener actualizado un registro de solicitudes de acceso de los elementos de la biodiversidad, colecciones ex situ y el de las personas físicas o jurídicas que se dediquen a la manipulación genética.
- Recopilar y actualizar la normativa referente al cumplimiento de los acuerdos y las directrices en materia de biodiversidad.
Adicionalmente en el Decreto Ejecutivo 34433 MINAE del 6 de abril 2008 referente al Reglamento a la Ley de Biodiversidad, se establecen una serie de responsabilidades para la Oficina Técnica, los cuales pretenden aplicar los mandatos establecidos en la Ley de Biodiversidad, específicamente lo establecido en los siguientes Capítulos: El IV sobre Conservación de Ecosistemas y Especies, el VI sobre Educación, Conciencia Pública y Transferencia de Tecnología, y otros temas como el de Impacto Ambiental y de incentivos para la Conservación y Uso sostenible de la Biodiversidad.